L'hôtel-Dieu de Chablis résulte de la fondation par les habitants d'un établissement charitable, dont l'existence est attestée en 1367. L'étendue de ses bâtiments anciens est inconnue, car l'établissement fait l'objet d'une reconstruction totale à la fin XVIIe s., sans doute lors de l'annexion des biens de l'ancienne maladrerie Saint-Sébastien (lettres patentes de mars 1698).

Le premier règlement connu de l'hôtel-Dieu est établi en 1721 : il instaure un bureau des administrateurs composé du juge royal ou seigneurial en exercice, du procureur royal ou fiscal en exercice, du curé de Saint-Pierre, de deux échevins et de deux habitants.

La capacité d'accueil de l'hôtel-Dieu à la fin de l'Ancien Régime est de six malades.

H 2355-2357 : dévolutions révolutionnaires; H -dépôt 3 : dépôts de 1975, du 6 septembre 2011 et 24 avril 2013.